Punainen Fuji on yhteistermi värityslinjalle Fuji, joka on valittu tavallisen Fujin silmujen (oksan) muutoksista. Fuji-omenat risteytettiin vuonna 1939 Japanin maatalous-, metsä- ja kalatalousministeriön hedelmäpuiden koealueen Moriokan haarassa Kunimitsun emänä ja marsalkka isänä.